Un vaisseau Wraith arrive en orbite audessus d'Atlantis. Dans la cité rendu invisible, chacun est stupéfait quand Michael les contact par radio avec une déconcertante requête : il veut négocier une alliance.
Frustré dans leur quête pour localiser la Terre, les Wraith commencent à être en manque de nourriture - d'humains - et ont déjà commencé à se battre entre eux. Pour cette raison, Micheal cherche une version militarisée du retrovirus anti-Wraith du Dr. Beckett. Il veut le déployer contre les vaisseaux rivals, les transformant en humain pour pouvoir se nourrir d'eux. Son vaisseau gagnera en nourriture et en pouvoir, et l'équipe d'Atlantis aurra des milliers d'ennemie balayé rapidement.
Weir décide que le prix est plus faible que le fait de faire confiance à des Wraith et très vite, les nouveaux alliés travaillent côte à côte. Avec l'aide d'un Wraith scientifique, Beckett et Zelinka transforme le rétrovirus en une arme, pendant que McKay en coopération avec l'équipage du vaisseau Wraith s'entraîne à outrepasser la défense des vaisseaux Wraith.
Les Wraith, cependant, mettent tout le monde mal à l'aise. Pire, leur premier essai de l'arme contre un autre vaisseu se termine en désastre : leur ennemie découvre le rétrovirus trop tôt et ouvre le feu. Le vaisseau de Michael est le Daedalus s'en sorte difficilement.
La reine du vaisseau de Michael menace alors de révêler l'existance d'Atlantis à tous les autres Wraith si les humains ne mettent pas en place une fiable système de livraison de l'arme. McKay, frustré, demande qu'elle l'aide en lui autorisant un libre accés à toutes les informations concernant les vaisseaux Wraith. A son grand étonnement, elle accepte et télécharge une encyclopédie virtuelle sur les ordinateurs d'Atlantis.
Zelenka fouille dans cette mine d'or pendant que McKay - escorté de Ronon - explorent le vaisseau lui-même et découvre un parfait point de livraison pour le retrovirus dans le système atmosphérique. Avec ça, ils sont prêt pour essayer une seconde attaque : le Deadalus téléportera le rétrovirus dans le système atmosphérique du vaisseau ennemie. McKay et Ronon observeront le tout du vaisseau de Michael, et Sheppard du Deadalus.
Mais très vite, la mission prend une autre tournure, Zelenka découvre que l'encyclopédie électronique wraith était infecté par un virus - et maintenant le virus est perdu dans les ordinateurs d'Atlantis. Il est trop tard pour prévenir le Deadalus qui en sortant de l'hyper espace se retrouve dans un piégé sous un puissant bombardement de deux vaisseaux Wraith - le vaisseau ennemi et le vaisseau de Michael. L'alliance n'était rien qu'une ruse : le vrai plan des Wraith était beaucoup plus sinistre. Loin d'abandonner leur rechercher pour trouver la Terre, ils ont juste trompé l'équipe d'Atlantis afin qu'ils leur donnent les informations qu'ils avaient besoin pour s'y rendre...
(Sci Fi)
Perso cette épisode est vraiment génial et j'attends avec impatience de savoir la suite!!